1. Visi

Menjadi Fakultas MIPA yang unggul dalam bidang keilmuan Matematika dan Sains, Riset Terapan dan pengembangan IPTEK serta menghasilkan lulusan berdaya saing tinggi yang dijiwai nilai-nilai keislaman, kepesantrenan dan keindonesiaan pada tahun 2027.

2. Misi

Misi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam :

1. Menyelenggarakan pendidikan tinggi yang berkualitas dan efektif secara berkelanjutan.
2. Menyediakan sumber daya manusia, sarana, dan prasarana untuk mendukung terselenggaranya pendidikan, penelitian dan pengabdian.
3. Menyelenggarakan program-program tridharma perguruan tinggi yang unggul dan aplikatif yang memenuhi kebutuhan masyarakat industri.
4. Mengembangkan mutu manajemen organisasi dalam meningkatkan kualitas tata kelola yang baik, efesien, transparan dan akuntabel.
5. Menjalin kerjasama untuk menunjang kegiatan tridharma perguruan tinggi dengan kelembagaan pendidikan, pemerintah, dan industri di tingkat nasional.

3. Tujuan

Adapun tujuan dari fakultas MIPA adalah sebagai berikut:

1. Menghasilkan lulusan MIPA yang unggul dan bersaing di tingkat nasional yang dijiwai nilai-nilai keislaman, kepesantrenan, dan keindonesian.
2. Meningkatkan hasil penelitian dasar dalam mengkaji dan mengembangkan potensi sumberdaya alam
3. Meningkatkan implementasi hasil penelitian keilmuan ke dalam bentuk pengabdian kepada masyarakat
4. Meningkatkan pelayanan administrasi, informasi, dan komunikasi yang efesiensi dan efektif baik dalam internal maupun eksternal
5. Memperluas jaringan kerja sama dengan pelbagai instansi pemerintah/swasta di dalam dan di luar negeri untuk produktivitas kegiatan tridharma perguruan tinggi

4. Sasaran 

Sasaran yang akan dicapai hingga tahun 2022 adalah:

1. Membangun manajemen internal fakultas dan sumber daya fakultas FMIPA
2. Menghasilkan lulusan unggul dan bermutu
3. Menjadikan program-program studi yang dimilikinya diakui secara nasional dan diakreditasi oleh BAN-PT dengan nilai B
4.  Meningkatkan kualitas dan kuantitas penelitan sehingga menambah jumlah publikasi nasional dan internasional.
5. Menjadikan hasil-hasil penelitian sebagai dasar pengembangan sains dan sumber inovasi dan manfaat sumber daya alam secara berkelanjutan.
6. Meningkatkan keterlibatan dna jangkauan FMIPA dalam kegiatan pengabdian kepada masyarakat.
7. Membangun sistem tata pamong, kepempinan, sistem pengelolaan dan penjaminan mutu yang kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil.
8. Membentuk SDM terutama dosen, tenaga kependidikan, dan mahasiswa yang memiliki kualitas tinggi.
9. Meningkatkan daya tarik, kualitas, dan kuantitas input pada semua program studi di FMIPA.
10. Menjalin kerjasama baik dengan instansi dalam negeri maupun luar negeri dalam rangka pemberdayaan kepakaran Sumber Daya Manusia (SDM) FMIPA dalam kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.